超聲波細胞破碎儀的用途十分廣泛，可安全地處理一定體積范圍內的多種有機和無機物質。典型應用包括樣品制備、細胞裂解、分解、均化、顆?？s徑、土壤測試以及加快化學反應。
探頭振動形成數百萬個微氣泡，微氣泡不斷膨脹并發生劇烈爆破。這種稱為空穴現象的現象可以在探頭尖部產生強力的剪切作用，從而引起液體中分子強烈振動。探頭由鈦合金制成，可以作為一個機械變量器來提高由轉換器所產生的振動的振幅。探頭直徑越大，可以處理的樣品量則越多，但是超聲波強度會相應降低。當處理體積更多，粘度更大的樣品，或在高壓條件下工作時，需要使用更大功率的破碎儀。當處理含有機溶劑的樣品或低表面張力的液體時，通常使用一體式探頭。
超聲波細胞破碎儀的常見問題處理：
1.怎樣合理選擇超聲波破碎儀參數？
不同型號的設備功率不一樣，功率的大小決定了使用變幅桿的大小范圍，使用多大的變幅桿就在設備的上調至該刻度。變幅桿的大小決定了處理量。一般情況，5ml以下選3mm，5-50ml可選6-8mm，50ml以上選10mm以上的變幅桿。占空比不用關心，主要是指超聲時間和停頓時間的比值。
2.為什么用塑料大試管不用玻璃管？
如果使用玻璃管可能會碎裂，而通常使用的是塑料試管。超聲波是物質介質中的一種彈性機械波，它既是一種波動形式，又是一種能量形式。超聲波破碎儀對細胞的作用主要有熱效應，空化效應和機械效應。熱效應是當超聲在介質中傳播時，摩擦力阻礙了由超聲引起的分子震動，使部分能量轉化為局部高熱（42－43℃）?？栈窃诔曊丈湎?，生物體內形成空泡，隨著空泡震動和其勐烈的聚爆而產生出機械剪切壓力和動蕩。另外，空化泡破裂時產生瞬時高溫（約5000℃）、高壓，可使水蒸氣熱解離產生。OH自由基和H原子，由OH自由基和H原子引起的氧化還原反應可導致多聚物降解、酶失活、脂質過氧化和細胞殺傷。機械效應是超聲的原發效應，超聲波在傳播過程中介質質點交替地壓縮與伸張構成了壓力變化，引起細胞結構損傷。損傷作用的強弱與超聲的頻率和強度密切相關。
3.從細胞中提取酶破碎時間長影響到酶的活性怎么辦？
如果需要的是胞內酶，細胞破碎程度和需要的酶獲得之間基本上有正比關系。破碎時間長的確會影響到酶的活性。這就需要在佳的破碎時間和酶活性之間做出判斷，直接的辦法是先繪制相關曲線。如果實驗中超聲波破碎儀破碎的是棒狀桿菌，破碎時間控制在30min左右，酶活較好。如果是基質菌絲的話，好可以考慮用溶菌酶處理一下。
